タンパク質の簡単な２次構造予測（移動平均を用いる）を行うプログラムを作成し、以下の例題を解きなさい。
なお、プログラムは課題を満たすものであれば、計算法などは自由とする。 また、プログラムを使用する際の利便性なども含めたプログラムの完成度の高さは、 評価の対象となる。
以下のファイルをダウンロードし、そのファイル内にあるアミノ酸配列に関して、αヘリックスとβシートを構成する箇所の予測を行いなさい。
以下はCho-Fasman法におけるアミノ酸分類の表である。
| amino acid | P(α) | P(β) |
| Alanine | 1.42 | 0.83 |
| Arginine | 0.98 | 0.93 |
| Aspartic Acid | 1.01 | 0.54 |
| Asparagine | 0.67 | 0.89 |
| Cysteine | 0.70 | 1.19 |
| Glutamic Acid | 1.39 | 1.17 |
| Glutamine | 1.11 | 1.10 |
| Glycine | 0.57 | 0.75 |
| Histidine | 1.00 | 0.87 |
| Isoleucine | 1.08 | 1.60 |
| Leucine | 1.41 | 1.30 |
| Lysine | 1.14 | 0.74 |
| Methionine | 1.45 | 1.05 |
| Phenylalanine | 1.13 | 1.38 |
| Proline | 0.57 | 0.55 |
| Serine | 0.77 | 0.75 |
| Threonine | 0.83 | 1.19 |
| Tryptophan | 1.08 | 1.37 |
| Tyrosine | 0.69 | 1.47 |
| Valine | 1.06 | 1.70 |
結果の出力に関しては、この２次構造予測においてどういった情報が必要となるかを考慮し、自由に決定する。
University of Nijmegen, Centre for Molecular and Biomolecular Informatics内
CMBI Bioinformatics courses
Chou and Fasman parameters.