１） データベース検索
| ゲノムネット（東大・京大） | GenBank, EMBL,etc. |
| EMBL (EBI) | 塩基配列データベース |
| Gene Bank (NCBI) | 塩基配列データベース |
| Entrez／NCBI（NIH) | 文献、配列検索 |
| GDB(JST) | 遺伝子地図データベース（ミラーサイト） |
| Genome Channel (ORNL) | comprehensive sequence-based view of genomes |
| Ribosomal Database Project II (MSU) | Ribosomal Database Project (RDP) |
| The Sanger Center | |
| SRS（国立遺伝研） | DDBJのキーワード検索 |
| TESS (CBH) | Transcription Element Search System |
| TIGR (The Institute for Genomic Research) | A collection of genomic databases for microbes, plants, and animals |
| Mouse (NCBI) | |
| VirGO | Viral Genome Database |
| 家畜ゲノムデータベース（農林水産省畜産試験場） | |
| E.Coli Genome Project (University of Wisconsin - Madison) | |
| Genome Information Broker（国立遺伝研） | 微生物ゲノムブラウザー |
| HIV Sequence Database | |
| KDRI Database (かずさDNA研究所) | CyanoBase, Arabidopsis thaliana, Human cDNA 他多数 |
| MIPS (Munich Information Center for Protein Sequences) | Yeast, Arabidopsis thaliana, Neurospora crassa, etc. |
| Pseudomonas Genome Project | Pseudomonas aeruginosa |
| RATMAP (Goteborg University) | The Rat Genome Database |
| SGDTM (Stanford Univ.) | Saccharomyces cerevisiae |
| Human-Mouse Homology Map (NCBI) | (new) |
| ゲノムネット（東大・京大） | blast, fasta |
| DDBJ（国立遺伝研） | blast, PSI-blast, fasta, Smith-Waterman |
| NIAS DNAbank SWsrch Service (農林水産省DNAバンク) | Smith-Waterman |
| ＥＢＩ | Smith-Waterman |
| Gene Quest (ORNL) | blast, fasta, Smith-Waterman etc. |
| ＮＣＢＩ（ＮＩＨ） | blast |
| Gene Finder (Frontiers in Bioscience) | スプライスサイト予測、コード領域予測etc. |
| GeneMark (Georgia Inst. of Tech.) | 隠れマルコフモデル |
| GENSCAN (MIT) | 隠れマルコフモデル |
| GeneBuilder (ITBA) | An integrated computing system for protein-coding gene prediction |
| HCpolya (ITBA) | Hamming Clustering poly-A prediction in Eukaryotic Genes |
| HCtata (ITBA) | Hamming-Clustering Method for TATA Signal Prediction in Eukaryotic Genes |
| GenView (ITBA) | Protein-Coding Gene Prediction |
| Genie (UCSC) [Human] | 隠れマルコフモデル |
| HMMGene (Tech. Univ. Denmaark) | Prediction of vertebrate and C. elegans genes with HMM |
| PROCRUSTES (USC) | Gene Recognition via Spliced Alignment |
| GRAIL (ORNL) | ニューラルネットワークetc. |
| GrailEXP (ORNL) | Improved version of Grail |
| Generation (ORNL) | Microbial Gene Prediction System |
| FramePlot (国立感染症研究所) | 高GC含量バクテリアのFrame解析 |
| ORF Seeker (embl-heiderberg) | ORF検索と翻訳 |
| ＮＣＢＩ | ORF Finder |
| Web Cutter 2 | 制限酵素地図 |
| GeneFisher (Bielefeld Univ.) | |
| Primer3 (MIT) | |
| Web Primer (SGDTM, Stanford Univ.) | |
| CODEHOP (FHCRC) | COnsensus-DEgenerate Hybrid Oligonucleotide Primers |
| DDBJ（国立遺伝研） | SAKURA |
| Promoter Predictor (Berkley Drosophia Genome Project) | プロモーター領域の予測 |
| Proscan (BIMAS) | プロモーター領域の予測 |
| Promotor 2.0 (CBS) | プロモーター領域の予測 |
| Splice Site Prediction (Berkley Drosophia Genome Project) | スプライスサイトの予測 |
| NetGene2 (CBS) | スプライスサイトの予測(human, C.elegance, A.thaliana) |
| NetPlantGene (CBS) | スプライスサイトの予測(Arabidopsis Thaliana) |
| SpliceVi ew (ITBA) | Splice Prediction by using Consensus Sequences |
| UniSTS (NCBI) | Electronic PCR(new) |