第2回の変更点

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*生物情報科学　第２回 [#ib58321b]
**遺伝情報解析にコンピュータが必要なわけ [#l5bf568d]
+研究初期は紙に書いた配列データを“目で”解析~
~
+解析対象の量と質の急激な増大~
~
遺伝子データベースGenBankの容量増加
#ref(growth_of_genbank.png,nolink)
#ref(growth_of_genbank201302.png,nolink)

http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/growth_of_genbank.html

+GenBankの統計データ~
http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/db/gb_statistics.html
+GenBankを構成するファイルとその容量~
http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/db/gb_size.html

**遺伝子データベースの種類とエントリ [#n6dd4979]
***GenBank [#f4484ac4]

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/

http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/db/genbank.html

***DDBJ [#ac2e2802]

http://www.ddbj.nig.ac.jp/

http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/db/ddbj.html

***EMBL [#rdeb9ab0]

http://www.ebi.ac.uk/embl/

http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/db/embl.html

**アミノ酸配列データベースの種類とエントリ [#n6dd4979]
***UniProt [#xcd09fc7]

http://www.uniprot.org/

http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/db/uniprot.html

***Pir（UniProtに統合） [#peb7d2a2]

http://www.uniprot.org/

http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/db/pir.html

**NCBI　BLASTサーバで利用できるデータベース [#zc360503]

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/producttable.shtml

遺伝情報実験センターでのミラー状況

http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/htbin/blastdb_status.sh

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**ワークステーションを使いこなすため、 自分で簡単なプログラムを書いて実行してみる [#p0c87fc6]
+端末エミュレータを起動する。
+src ディレクトリを作成する。
 mkdir src
~
+src ディレクトリに移動する。
 cd src
~
+エディタを用いて、次の内容の myname.c ファイルを作成する。
 #include <stdio.h>
 int main(void) {
 printf("My name is Teruo Yasunaga\n");
 }
~
具体的には授業中に指示する。~
~
+Cコンパイラを用いて、ソースプログラムを実行形式プログラムに変換する。
 gcc -o myname myname.c
~
+ls コマンドで、myname というファイルが出来ていることを確認する。
 ls
~
+myname を実行してみる。
 ./myname
~
+5 で、gcc myname.c としたらどうなるか？
第2回 の変更点

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