*生物情報科学　第4回（前回補足事項） [#s8c9f021]

** 前回補足 [#i5b69fc1]

ディスクの空き容量がおおよそ13MB以下である場合や、Disk full のエラーが出て失敗する場合は、以下のようにする。

+ まずは、中途半端な状態になっている fasta-36.3.4 をディレクトリ（フォルダ）丸ごと削除する。Windowsから行ってもよいし、コマンド操作で行ってもよいが、間違ったファイルを消さないよう、くれぐれも注意すること。~
~
コマンド操作で fasta-36.3.4 ディレクトリ（フォルダ）を丸ごと削除する例~
 cd
 rm -r fasta-36.3.4
~
+ （未入手の場合のみ）FASTA のソースコードを入手する。~
配布元: http://faculty.virginia.edu/wrpearson/fasta/ ~
ただしネットワーク負荷軽減のため、以下からダウンロードする。~
http://ftp.gen-info.osaka-u.ac.jp/biosoft/fasta/
~
最新版の [[fasta-36.3.4.tar.gz:http://ftp.gen-info.osaka-u.ac.jp/biosoft/fasta/fasta-36.3.4.tar.gz]] をクリックして入手し、linuxhomeディレクトリに保存する。~
~
+ tar.gz は複数のファイルが一つのファイルにまとめられ （tar アーカイブ）、gzip コマンドでさらに圧縮されていることを意味している。~
~
一時作業領域に移動し、圧縮アーカイブされているファイルを一時作業領域に展開する。
 cd /tmp
 zcat ~/fasta-36.3.4.tar.gz | tar xvf -
~
+ ls コマンドでfasta-36.3.4ディレクトリが出来ていることを確認する。
 ls
~
+ fasta-36.3.4ディレクトリに移動する。
 cd fasta-36.3.4
~
+ READMEファイルを読む。実行形式プログラムの作成方法が書いてある。~
~
+ srcディレクトリに移動する。
 cd src
~
+ make コマンドを用いて、実行プログラムに変換する。
 make -f ../make/Makefile.linux32 all
~
+ binディレクトリに移動する。
 cd ../bin
~
+ 実行ファイルのサイズを小さくするため、デバッグ情報を削除する。
 pwd
/tmp/fasta-36.3.4/bin と表示される事を確認。~
 strip *
~
+ ls コマンドで作成された実行形式プログラムを確認する。
 ls
 ls -F
~
+ fasta プログラムを実行してみる。
  ./fasta36
すると、使い方に関するメッセージが表示される。
 USAGE
  fasta36 [-options] query_file library_file [ktup]
  fasta36 -help for a complete option list
 
 DESCRIPTION
  FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
  version: 36.3.4 Apr, 2011
 
 COMMON OPTIONS (options must preceed query_file library_file)
  -s:  [BL50] scoring matrix;
  -f:  [-10] gap-open penalty;
  -g:  [-2] gap-extension penalty;
  -S   filter lowercase (seg) residues;
  -b:  high scores reported (limited by -E by default);
  -d:  number of alignments shown (limited by -E by default);
  -I   interactive mode;
~ 
+ 一時作業領域からホームディレクトリに必要なファイルをコピーする。
 cd
 mkdir fasta-36.3.4
 cp -a /tmp/fasta-36.3.4/bin fasta-36.3.4
4MB程度の空き領域が必要である。
~
+ fastaを使用して、ホモロジーサーチを実行してみる。~
そのためには、アミノ酸配列データベースを利用できるようにする必要がある。

[[第4回]] に続く。
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