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*生物情報科学 第5回 [#u58b7ee9] **遺伝情報実験センター開発のマルチプルアライメントエディタ GeneAlign をインストールしよう。 [#c23ac1e1] +http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/geneweb2/genealign/welcome.html から、「Windows専用 ClustalW 2.1 同梱版 zip形式」をダウンロードする。ファイルサイズは約2MBあるので、保存せず直接開いてもよい。 +さきほどダウンロードした GeneAlign20071108_clustalw2.1-win.zip をダブルクリックすると、デスクトップ上に「GeneAlign」というフォルダができる。その「GeneAlign」というフォルダを、各自の「linuxhome」内に移動する。(注: 教育用計算機システムでは、デスクトップ上のフォルダはログアウト時に消される。)（注：この操作には8MB弱の空きディスク容量が必要である。） +GeneAlignが動くことを確認する。各自の「linuxhome」内の「GeneAlign」に存在する GeneAlign.jar をダブルクリックするとGeneAlignが起動する。 +（余談）GeneAlignはCentOSなどLinuxでも動作する。このため、上記ではあえてlinuxhome上にインストールした。しかし、この教育用計算機システム上のCentOSでは、特殊環境のせいか動作が非常に遅く、使いものにならなかったため、Linux上でのインストール方法は省略した。 **GeneAlignを使ってみる。 [#zd3b94a8] 具体的には、授業で指示する。 + &ref(pol.fst); をダウンロードして linuxhome に保存。 + pol.fst を GeneAlignで開く。 + "Select All"を押してから、アライメントのアイコンを押す（またはメニューからEdit→Alignを選択する）と、Clustal Wによる自動アライメントが行われる。 + 気に入らないところがあれば、手動で訂正する。（マウス左クリック、右クリックによる操作。）特に無ければそのままでよい。 + File→Save As にて、pol_align.fst というファイル名で別名保存。 **サンプルデータを使った演習 [#o78f0128] 具体的には、授業で指示する。 +[[GeneWeb3のサンプルデータ:http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/geneweb3/sampledata.html]]から、[[相違度計算用核酸データ:http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/geneweb3/sample/nuc-diff.txt]]を右クリックして名前を付けて保存する。 +[[GeneWeb3のサンプルデータ:http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/geneweb3/sampledata.html]]から、「[[相違度計算用核酸データ:http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/geneweb3/sample/nuc-diff.txt]]」を右クリックして「名前を付けて保存」する。 +一部のブラウザではファイル名が指示どおりにならないので、必要ならダウンロード後にhaemoglobin.fst というファイル名に変更して、linuxhomeに保存する。 +haemoglobin.fst を GeneAlign で開く。 **付録: トラブル発生時の対策 [#a985a181] 注意: 以下は「&color(#ff6600){ディスクを全然使っていないはずなのにディスク使用量が大きく増えている};」症状が出た場合のみ行うこと。 Linux上でclustalwのアイコンをダブルクリックした場合に、表面上は何も発生しないが、ClustalWのバグのため、ウインドウマネージャのログファイル（通常は見えない隠しファイル）にエラーメッセージを書き続けて、ディスクが満杯になる場合がある。端末からの起動、およびGeneAlign内部からの起動の場合は発生しない。もし、全然使っていないはずなのにディスク使用量が大きく増えている場合は、以下の操作を行う。 （強制的にプログラムを終了させる操作が含まれるので、何も作業を行っていない状態で行うこと。また、ファイルを削除する操作が含まれるので、打ち間違いには十分に注意すること。） 操作内容は別ページ「[[トラブル発生時の対策]]」を参照すること。
