*生物情報科学　第6回 [#a7175b9b]

**遺伝子解析ソフト GeneWeb III を使用して系統樹を作成してみよう。 [#q0d4b2c7]
+&ref(ef1a.fst); からダウンロードし、linuxhome に保存する。 この配列は、12生物種の伸長因子（elongation factor 1 alpha）のアミノ酸配列である。 ファイル中に各生物種名とIDが記述されている。
+Genealign を用いて、マルチプルアライメントを行い、その結果を、 ef1a_aln.fst というファイル名で保存する。
+[[Javaのセキュリティレベルを下げてGeneWeb3を実行可能にする]]を参照して、GeneWeb III 実行準備を行う。
+http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/geneweb3/ にアクセスし、 start ボタンをクリックして GeneWeb III を起動する。
>
>注意：GeneWeb III 上でのコピー＆ペースト方法
>GeneWeb III 上でのコピー＆ペーストは、事前に.java.policyファイルへの設定を行う必要がある（が、設定を行なってもダメな場合も多いようである）。ただし、下記のように、FireFoxのウインドウ間でドラッグ＆ドロップする抜け道は残っている。（FireFoxでうまくいかなければ、Internet Explorer, Google Chromeなども試すこと。）
>
>i.   新規にWEBブラウザをもう１つ開く。
>ii.  WEBブラウザのメニューより、「ファイル」-「開く」でコピーしたいファイルを開き、WEBブラウザ上に表示させる。
>iii. 全選択した後、ブラウザ間でドラッグ＆ドロップすることでコピーができる。
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+ef1a_aln.fst を開き、GeneWeb III の左側の画面に ef1a_aln.fst をドラッグ＆ドロップする。
+系統樹作成のアルゴリズム（ UPGMA か NJ ）を選択し、 submit ボタンをクリックし計算を依頼する。
+系統樹が表示されたら、gif 形式で保存する。
+次に、同じ遺伝子の塩基配列を &ref(ef1n.fst); からダウンロードして、アミノ酸配列と同じように系統樹を作成する。
+アミノ酸配列の場合と塩基配列の場合とでは、系統樹の枝の長さが異なった。その理由を考えてみよう。
+[[Javaのセキュリティレベルを下げてGeneWeb3を実行可能にする]]を参照して、セキュリティレベルを元に戻す。

**第6回レポート課題 [#u67b5137]

レポート課題は変更するかもしれないので、授業中の指示があるまで提出しないでください。
課題はこのページ記載のとおりです。~
%%レポート課題は変更するかもしれないので、授業中の指示があるまで提出しないでください。%%

-以下のアミノ酸配列と塩基配列の両方の結果を提出する。~
--ef1a_aln.fst (アライメント後のデータ)
--ef1a.gif (系統樹の図)
--ef1n_aln.fst (アライメント後のデータ)
--ef1n.gif (系統樹の図)
-アミノ酸配列と塩基配列の系統樹の違いは何によるものか？その理由を考察する。(メール本文、もしくは上記とは別の添付ファイルにて提出)
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