*生物情報科学　第7回 [#gc930db4]

(このページは準備中です。特に、レポート課題は変更するかもしれないので、指示があるまで提出しないでください。)
(このページは準備中です。特に、レポート課題は変更するかもしれないので、授業中の指示があるまで提出しないでください。)

**A型インフルエンザの系統樹を描いてみよう。 [#k7173e7f]
+今回の実習はWindowsで行う。
+A型インフルエンザのヘマグルチニン(HA)遺伝子のサンプル配列 &ref(flu_nucleotide.fst); を取得する。具体的にはリンクを右クリックして、メニューから「名前を付けてリンク先を保存」を選び、適当な場所にサンプル配列を保存する。
+flu_nucleotide.fstの各配列のコメント行（">"で始まる行）は、後ろに";; 33-1733"等の記述が追加されている。これはGeneAlignに配列の３３番目の塩基から1733番目の塩基が蛋白質をコードしている領域であることを指示している。
+前回使用した GeneAlign を用いて、HA遺伝子配列のアライメントを行うが、蛋白質をコードする領域とコードしていない領域を区別してアライメントを行う。具体的な方法は授業で説明する。
+アライメント結果を「flu_nucleotide_aln.fst」という名前で保存する。具体的には「File」→「Save As」→「flu_nucleotide_aln.fst」という名前で保存を行う。
+MEGA4 を使って flu_nucleotide_aln.fst の系統樹を作成する。
+Mega を起動してメインウインドウに先ほど保存した「flu_nucleotide_aln.fst」をドラッグアンドドロップする。

&ref(megaMain.png);

+新しいウインドウが開いたら、新しく開いたウインドウを閉じる。

&ref(megaAlignExplo.png);

+セーブするかどうか聞いてくるので、Yes をクリックして、flu_nucleotide_aln.fst と同じ場所に flu_nucleotide_aln.meg という名前でセーブする。

&ref(megaSaveMega.png);

+タイトルを入力するように催してくるが何も入力せずにOKを押してよい。

&ref(megaTitle.png);

+タンパク質をコードする配列かどうか聞いてくる。今回は塩基配列レベルの解析を行うので No と答える。

&ref(megaOpenMega.png);

+新しいウインドウが開くが無視して、メインウインドウの「Neighbor-Joining」法を選択する。

&ref(megaNJmethod.png);

+設定を確認するウインドウが出るので、確認して、Compute を押し、系統樹を作成する。

&ref(megaNJexec.png);
**構築したA型インフルエンザに新型インフルエンザのデータを追加しての系統樹を描いてみよう。 [#s39deffc]
+新型インフルエンザの配列&ref(new_H1N1_HA.fst);をダウンロードし、これを加えて系統樹を作成せよ。
+新型インフルエンザは、どの株と最も近縁であるか？また、このことは何を意味するのか考察せよ。考察と系統樹をレポートとして提出せよ。

(レポート課題は変更するかもしれないので、授業中の指示があるまで提出しないでください。)
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