FASTA実行例の変更点

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* FASTA を使って相同性のある配列を検索してみよう [#u04e8322]

 $ fasta-36.3.5c/bin/fasta36
 $ fasta-36.3.6d/bin/fasta36
FASTA プログラムのあるディレクトリで実行する場合は ./fasta36 となる。以下、適宜読み替えること。
~
 $ ./fasta36
実行すると以下のように簡単な使い方が表示される（詳細な使い方はREADME参照）。
 USAGE
  fasta36 [-options] query_file library_file [ktup]
  fasta36 -help for a complete option list
 
 DESCRIPTION
  FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
  version: 36.3.5c Dec, 2011
  version: 36.X.XX Xxx, 201X
 
 COMMON OPTIONS (options must preceed query_file library_file)
  -s:  [BL50] scoring matrix;
  -f:  [-10] gap-open penalty;
  -g:  [-2] gap-extension penalty;
  -S   filter lowercase (seg) residues;
  -b:  high scores reported (limited by -E by default);
  -d:  number of alignments shown (limited by -E by default);
  -I   interactive mode;

コマンドラインから配列名をオプションに与えて実行する。

 $ ~/fasta-36.3.5c/bin/fasta36 test.fst uniprot_sprot.fasta > test.fasta36
 $ ~/fasta-36.3.6d/bin/fasta36 test.fst uniprot_sprot.fasta > test.fasta36
（">"の記号を忘れずに。）
- test.fst: 調べたい配列の入ったファイル名。
- uniprot_sprot.fasta: ライブラリ(データベース)のファイル名。
- test.fasta36: 結果ファイル名。存在するファイルを指定すると確認無しに上書きされてしまうので要注意。

FASTA実行例 の変更点

FASTA実行例の変更点