第2回
をテンプレートにして作成
[
トップ
] [
新規
|
一覧
|
検索
|
最終更新
|
ヘルプ
|
ログイン
]
開始行:
*生物情報科学 第２回 [#ib58321b]
**遺伝情報解析にコンピュータが必要なわけ [#l5bf568d]
+研究初期は紙に書いた配列データを“目で”解析~
~
+解析対象の量と質の急激な増大~
~
遺伝子データベースGenBankの容量増加
#ref(growth_of_genbank201302.png,nolink)
http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/growth_of_genbank.html
+GenBankの統計データ~
http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/db/gb_statistics.html
+GenBankを構成するファイルとその容量~
http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/db/gb_size.html
**遺伝子データベースの種類とエントリ [#n6dd4979]
***GenBank [#f4484ac4]
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/db/genbank.html
***DDBJ [#ac2e2802]
http://www.ddbj.nig.ac.jp/
http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/db/ddbj.html
***EMBL [#rdeb9ab0]
http://www.ebi.ac.uk/embl/
http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/db/embl.html
**アミノ酸配列データベースの種類とエントリ [#n6dd4979]
***UniProt [#xcd09fc7]
http://www.uniprot.org/
http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/db/uniprot.html
***Pir（UniProtに統合） [#peb7d2a2]
http://www.uniprot.org/
http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/db/pir.html
**NCBI BLASTサーバで利用できるデータベース [#zc360503]
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/producttable.shtml
遺伝情報実験センターでのミラー状況
http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/htbin/blastdb_status.sh
----
**ワークステーションを使いこなすため、 自分で簡単なプログ...
+端末エミュレータを起動する。
+src ディレクトリを作成する。
mkdir src
~
+src ディレクトリに移動する。
cd src
~
+エディタを用いて、次の内容の myname.c ファイルを作成する。
#include <stdio.h>
int main(void) {
printf("My name is Teruo Yasunaga\n");
}
~
具体的には授業中に指示する。~
~
+Cコンパイラを用いて、ソースプログラムを実行形式プログラ...
gcc -o myname myname.c
~
+ls コマンドで、myname というファイルが出来ていることを確...
ls
~
+myname を実行してみる。
./myname
~
+5 で、gcc myname.c としたらどうなるか？
終了行:
*生物情報科学 第２回 [#ib58321b]
**遺伝情報解析にコンピュータが必要なわけ [#l5bf568d]
+研究初期は紙に書いた配列データを“目で”解析~
~
+解析対象の量と質の急激な増大~
~
遺伝子データベースGenBankの容量増加
#ref(growth_of_genbank201302.png,nolink)
http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/growth_of_genbank.html
+GenBankの統計データ~
http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/db/gb_statistics.html
+GenBankを構成するファイルとその容量~
http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/db/gb_size.html
**遺伝子データベースの種類とエントリ [#n6dd4979]
***GenBank [#f4484ac4]
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/db/genbank.html
***DDBJ [#ac2e2802]
http://www.ddbj.nig.ac.jp/
http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/db/ddbj.html
***EMBL [#rdeb9ab0]
http://www.ebi.ac.uk/embl/
http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/db/embl.html
**アミノ酸配列データベースの種類とエントリ [#n6dd4979]
***UniProt [#xcd09fc7]
http://www.uniprot.org/
http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/db/uniprot.html
***Pir（UniProtに統合） [#peb7d2a2]
http://www.uniprot.org/
http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/db/pir.html
**NCBI BLASTサーバで利用できるデータベース [#zc360503]
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/producttable.shtml
遺伝情報実験センターでのミラー状況
http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/htbin/blastdb_status.sh
----
**ワークステーションを使いこなすため、 自分で簡単なプログ...
+端末エミュレータを起動する。
+src ディレクトリを作成する。
mkdir src
~
+src ディレクトリに移動する。
cd src
~
+エディタを用いて、次の内容の myname.c ファイルを作成する。
#include <stdio.h>
int main(void) {
printf("My name is Teruo Yasunaga\n");
}
~
具体的には授業中に指示する。~
~
+Cコンパイラを用いて、ソースプログラムを実行形式プログラ...
gcc -o myname myname.c
~
+ls コマンドで、myname というファイルが出来ていることを確...
ls
~
+myname を実行してみる。
./myname
~
+5 で、gcc myname.c としたらどうなるか？
ページ名:
![[PukiWiki]](image/pukiwiki.png "[PukiWiki]")
