第3回
をテンプレートにして作成
[
トップ
] [
新規
|
一覧
|
検索
|
最終更新
|
ヘルプ
|
ログイン
]
開始行:
*生物情報科学 第３回 [#u1524b65]
''レポート課題は変更するかもしれないので、授業中の指示が...
**ホモロジーサーチの使用準備 [#af19d56c]
ホモロジーサーチプログラムの一つである FASTA プログラムを...
+ FASTA のソースコードを入手する。~
配布元: http://faculty.virginia.edu/wrpearson/fasta/ ~
ただしネットワーク負荷軽減のため、以下からダウンロードす...
&ref(fasta-36.3.7a.tar.gz); または [[fasta-36.3.7a.tar.gz...
~
ダウンロードして、linuxhomeディレクトリに保存する。~
~
+ tar.gz は複数のファイルが一つのファイルにまとめられ （t...
+ ディスク容量の問題があるため、まず、一時作業領域に作業...
cd /tmp
+ 圧縮アーカイブされているファイルを展開する。
zcat ~/fasta-36.3.7a.tar.gz | tar xvf -
~
+ ls コマンドでfasta-36.3.7aディレクトリが出来ていること...
ls
~
+ fasta-36.3.7aディレクトリに移動する。
cd fasta-36.3.7a
~
+ READMEファイルを読む。実行形式プログラムの作成方法が書...
~
+ srcディレクトリに移動する。
cd src
~
+ make コマンドを用いて、実行プログラムに変換する。
make -f ../make/Makefile.linux64_sse2 all
~
+ binディレクトリに移動する。
cd ../bin
~
+ ls コマンドで作成された実行形式プログラムを確認する。
ls
ls -F
~
+ 実行ファイルのサイズを小さくするため、デバッグ情報を削...
pwd
/tmp/fasta-36.3.7a/bin と表示された事を確認してから、以下...
strip *
（ここで"strip:README: File format not recognized"という...
~
+ fasta プログラムを実行してみる。
./fasta36
すると、使い方に関するメッセージが表示される。
USAGE
fasta36 [-options] query_file library_file [ktup]
fasta36 -help for a complete option list
DESCRIPTION
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version: 36.3.7a Jan, 2015
COMMON OPTIONS (options must preceed query_file library_...
-s: scoring matrix;
-f: gap-open penalty;
-g: gap-extension penalty;
-S filter lowercase (seg) residues;
-b: high scores reported (limited by -E by default);
-d: number of alignments shown (limited by -E by defau...
-I interactive mode;
~
+ 以下で一時作業領域からホームディレクトリに必要なファイ...
cd
~
mkdir fasta-36.3.7a
+ 再度、一時作業領域に移動してから、コピーを行う。
cd /tmp/fasta-36.3.7a
~
cp -a bin data doc seq ~/fasta-36.3.7a/
利用者領域に5MB程度の空き領域が必要である。（成功した場合...
~
+ 最後に、cd してホームディレクトリに戻る。
cd
~
**ホモロジーサーチ用データベースの準備 [#af19d56c]
fastaを使用して、ホモロジーサーチを実行してみる。~
そのためには、アミノ酸配列データベースを利用できるように...
***実習用配列データファイルのシンボリックリンクを作成する...
ln -s /home/toyonaka/rimd/staff/u762406a/linuxhome/unipr...
これは、教師側の用意したファイル(/home/toyonaka/rimd/staf...
~
less uniprot_sprot.fasta
~
less はファイルの中身を閲覧するコマンドである。矢印キーで...
less コマンドを終了するには、アルファベット小文字「q」を...
*** シンボリックリンク作成に失敗した場合 [#ne952f53]
(注: うまくいっている場合はこの項を実行しないこと。)
rm uniprot_sprot.fasta
として、いったん間違えて作成したシンボリックリンク(または...
** FASTA の実行 [#la2fbc10]
[[この例>FASTA実行例]]を参考にして、実際に FASTA を実行し...
*** 例題: ヒト Cytochrome C の例 [#b3f69d11]
ヒト Cytochrome C の配列 &ref(P99999.fst); を使用して FAS...
fasta-36.3.7a/bin/fasta36 P99999.fst uniprot_sprot.fasta...
結果を less コマンドにて確認する。
less P99999.fasta36
less はファイルの中身を閲覧するコマンドである。矢印キーで...
less コマンドを終了するには、アルファベット小文字「q」を...
*** 演習課題 [#z11a5699]
以下の配列が何のタンパク質であるかを調べる。
+ &ref(ex301.fst);
+ &ref(ex302.fst);
+ &ref(ex303.fst);
+ &ref(ex304.fst);
+ &ref(ex305.fst);
注意点:
-fasta36実行結果ファイルを丸ごと添付してはならない。
レポート課題は変更するかもしれないので、授業中の指示があ...
終了行:
*生物情報科学 第３回 [#u1524b65]
''レポート課題は変更するかもしれないので、授業中の指示が...
**ホモロジーサーチの使用準備 [#af19d56c]
ホモロジーサーチプログラムの一つである FASTA プログラムを...
+ FASTA のソースコードを入手する。~
配布元: http://faculty.virginia.edu/wrpearson/fasta/ ~
ただしネットワーク負荷軽減のため、以下からダウンロードす...
&ref(fasta-36.3.7a.tar.gz); または [[fasta-36.3.7a.tar.gz...
~
ダウンロードして、linuxhomeディレクトリに保存する。~
~
+ tar.gz は複数のファイルが一つのファイルにまとめられ （t...
+ ディスク容量の問題があるため、まず、一時作業領域に作業...
cd /tmp
+ 圧縮アーカイブされているファイルを展開する。
zcat ~/fasta-36.3.7a.tar.gz | tar xvf -
~
+ ls コマンドでfasta-36.3.7aディレクトリが出来ていること...
ls
~
+ fasta-36.3.7aディレクトリに移動する。
cd fasta-36.3.7a
~
+ READMEファイルを読む。実行形式プログラムの作成方法が書...
~
+ srcディレクトリに移動する。
cd src
~
+ make コマンドを用いて、実行プログラムに変換する。
make -f ../make/Makefile.linux64_sse2 all
~
+ binディレクトリに移動する。
cd ../bin
~
+ ls コマンドで作成された実行形式プログラムを確認する。
ls
ls -F
~
+ 実行ファイルのサイズを小さくするため、デバッグ情報を削...
pwd
/tmp/fasta-36.3.7a/bin と表示された事を確認してから、以下...
strip *
（ここで"strip:README: File format not recognized"という...
~
+ fasta プログラムを実行してみる。
./fasta36
すると、使い方に関するメッセージが表示される。
USAGE
fasta36 [-options] query_file library_file [ktup]
fasta36 -help for a complete option list
DESCRIPTION
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version: 36.3.7a Jan, 2015
COMMON OPTIONS (options must preceed query_file library_...
-s: scoring matrix;
-f: gap-open penalty;
-g: gap-extension penalty;
-S filter lowercase (seg) residues;
-b: high scores reported (limited by -E by default);
-d: number of alignments shown (limited by -E by defau...
-I interactive mode;
~
+ 以下で一時作業領域からホームディレクトリに必要なファイ...
cd
~
mkdir fasta-36.3.7a
+ 再度、一時作業領域に移動してから、コピーを行う。
cd /tmp/fasta-36.3.7a
~
cp -a bin data doc seq ~/fasta-36.3.7a/
利用者領域に5MB程度の空き領域が必要である。（成功した場合...
~
+ 最後に、cd してホームディレクトリに戻る。
cd
~
**ホモロジーサーチ用データベースの準備 [#af19d56c]
fastaを使用して、ホモロジーサーチを実行してみる。~
そのためには、アミノ酸配列データベースを利用できるように...
***実習用配列データファイルのシンボリックリンクを作成する...
ln -s /home/toyonaka/rimd/staff/u762406a/linuxhome/unipr...
これは、教師側の用意したファイル(/home/toyonaka/rimd/staf...
~
less uniprot_sprot.fasta
~
less はファイルの中身を閲覧するコマンドである。矢印キーで...
less コマンドを終了するには、アルファベット小文字「q」を...
*** シンボリックリンク作成に失敗した場合 [#ne952f53]
(注: うまくいっている場合はこの項を実行しないこと。)
rm uniprot_sprot.fasta
として、いったん間違えて作成したシンボリックリンク(または...
** FASTA の実行 [#la2fbc10]
[[この例>FASTA実行例]]を参考にして、実際に FASTA を実行し...
*** 例題: ヒト Cytochrome C の例 [#b3f69d11]
ヒト Cytochrome C の配列 &ref(P99999.fst); を使用して FAS...
fasta-36.3.7a/bin/fasta36 P99999.fst uniprot_sprot.fasta...
結果を less コマンドにて確認する。
less P99999.fasta36
less はファイルの中身を閲覧するコマンドである。矢印キーで...
less コマンドを終了するには、アルファベット小文字「q」を...
*** 演習課題 [#z11a5699]
以下の配列が何のタンパク質であるかを調べる。
+ &ref(ex301.fst);
+ &ref(ex302.fst);
+ &ref(ex303.fst);
+ &ref(ex304.fst);
+ &ref(ex305.fst);
注意点:
-fasta36実行結果ファイルを丸ごと添付してはならない。
レポート課題は変更するかもしれないので、授業中の指示があ...
ページ名:
![[PukiWiki]](image/pukiwiki.png "[PukiWiki]")
