第4回前回補足
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開始行:
*生物情報科学 第4回（前回補足事項） [#s8c9f021]
** 前回補足 [#i5b69fc1]
ディスクの空き容量がおおよそ13MB以下である場合や、Disk fu...
+ まずは、中途半端な状態になっている fasta-36.3.4 をディ...
~
コマンド操作で fasta-36.3.4 ディレクトリ（フォルダ）を丸...
cd
rm -r fasta-36.3.4
~
+ （未入手の場合のみ）FASTA のソースコードを入手する。~
配布元: http://faculty.virginia.edu/wrpearson/fasta/ ~
ただしネットワーク負荷軽減のため、以下からダウンロードす...
http://ftp.gen-info.osaka-u.ac.jp/biosoft/fasta/
~
最新版の [[fasta-36.3.4.tar.gz:http://ftp.gen-info.osaka-...
~
+ tar.gz は複数のファイルが一つのファイルにまとめられ （t...
~
一時作業領域に移動し、圧縮アーカイブされているファイルを...
cd /tmp
zcat ~/fasta-36.3.4.tar.gz | tar xvf -
~
+ ls コマンドでfasta-36.3.4ディレクトリが出来ていることを...
ls
~
+ fasta-36.3.4ディレクトリに移動する。
cd fasta-36.3.4
~
+ READMEファイルを読む。実行形式プログラムの作成方法が書...
~
+ srcディレクトリに移動する。
cd src
~
+ make コマンドを用いて、実行プログラムに変換する。
make -f ../make/Makefile.linux32 all
~
+ binディレクトリに移動する。
cd ../bin
~
+ 実行ファイルのサイズを小さくするため、デバッグ情報を削...
pwd
/tmp/fasta-36.3.4/bin と表示される事を確認。~
strip *
~
+ ls コマンドで作成された実行形式プログラムを確認する。
ls
ls -F
~
+ fasta プログラムを実行してみる。
./fasta36
すると、使い方に関するメッセージが表示される。
USAGE
fasta36 [-options] query_file library_file [ktup]
fasta36 -help for a complete option list
DESCRIPTION
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version: 36.3.4 Apr, 2011
COMMON OPTIONS (options must preceed query_file library_...
-s: [BL50] scoring matrix;
-f: [-10] gap-open penalty;
-g: [-2] gap-extension penalty;
-S filter lowercase (seg) residues;
-b: high scores reported (limited by -E by default);
-d: number of alignments shown (limited by -E by defau...
-I interactive mode;
~
+ 一時作業領域からホームディレクトリに必要なファイルをコ...
cd
mkdir fasta-36.3.4
cp -a /tmp/fasta-36.3.4/bin fasta-36.3.4
4MB程度の空き領域が必要である。
~
+ fastaを使用して、ホモロジーサーチを実行してみる。~
そのためには、アミノ酸配列データベースを利用できるように...
[[第4回]] に続く。
終了行:
*生物情報科学 第4回（前回補足事項） [#s8c9f021]
** 前回補足 [#i5b69fc1]
ディスクの空き容量がおおよそ13MB以下である場合や、Disk fu...
+ まずは、中途半端な状態になっている fasta-36.3.4 をディ...
~
コマンド操作で fasta-36.3.4 ディレクトリ（フォルダ）を丸...
cd
rm -r fasta-36.3.4
~
+ （未入手の場合のみ）FASTA のソースコードを入手する。~
配布元: http://faculty.virginia.edu/wrpearson/fasta/ ~
ただしネットワーク負荷軽減のため、以下からダウンロードす...
http://ftp.gen-info.osaka-u.ac.jp/biosoft/fasta/
~
最新版の [[fasta-36.3.4.tar.gz:http://ftp.gen-info.osaka-...
~
+ tar.gz は複数のファイルが一つのファイルにまとめられ （t...
~
一時作業領域に移動し、圧縮アーカイブされているファイルを...
cd /tmp
zcat ~/fasta-36.3.4.tar.gz | tar xvf -
~
+ ls コマンドでfasta-36.3.4ディレクトリが出来ていることを...
ls
~
+ fasta-36.3.4ディレクトリに移動する。
cd fasta-36.3.4
~
+ READMEファイルを読む。実行形式プログラムの作成方法が書...
~
+ srcディレクトリに移動する。
cd src
~
+ make コマンドを用いて、実行プログラムに変換する。
make -f ../make/Makefile.linux32 all
~
+ binディレクトリに移動する。
cd ../bin
~
+ 実行ファイルのサイズを小さくするため、デバッグ情報を削...
pwd
/tmp/fasta-36.3.4/bin と表示される事を確認。~
strip *
~
+ ls コマンドで作成された実行形式プログラムを確認する。
ls
ls -F
~
+ fasta プログラムを実行してみる。
./fasta36
すると、使い方に関するメッセージが表示される。
USAGE
fasta36 [-options] query_file library_file [ktup]
fasta36 -help for a complete option list
DESCRIPTION
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version: 36.3.4 Apr, 2011
COMMON OPTIONS (options must preceed query_file library_...
-s: [BL50] scoring matrix;
-f: [-10] gap-open penalty;
-g: [-2] gap-extension penalty;
-S filter lowercase (seg) residues;
-b: high scores reported (limited by -E by default);
-d: number of alignments shown (limited by -E by defau...
-I interactive mode;
~
+ 一時作業領域からホームディレクトリに必要なファイルをコ...
cd
mkdir fasta-36.3.4
cp -a /tmp/fasta-36.3.4/bin fasta-36.3.4
4MB程度の空き領域が必要である。
~
+ fastaを使用して、ホモロジーサーチを実行してみる。~
そのためには、アミノ酸配列データベースを利用できるように...
[[第4回]] に続く。
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