第7回
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開始行:
*生物情報科学 第7回 [#gc930db4]
**コロナウイルスの系統樹を描いてみよう。 [#k7173e7f]
今回は配列のアライメントから系統樹の作成までをWindows上で...
MEGA6は http://www.megasoftware.net/ から無償でダウンロー...
+コロナウイルスのsmall membrane protein遺伝子（以下、E遺...
具体的にはリンクを右クリックして、メニューから「名前を付...
&ref(01_hozon.png);&br;&br;
+保存先を聞いてくるので、linuxhomeに移動し、丸で示した「...
&ref(02_makedir.png);&br;
&ref(03_dirname.png);&br;&br;
+coronaフォルダに移動して、E-protein.fastaという名前でサ...
&ref(04_hozon_place.png);&br;&br;
+MEGA5 を起動して、サンプル配列のアライメントを行う。&br;
MEGA5を起動して、「File」→「Open A File/Session」から、E-...
&ref(11_open_fasta.png);&br;&br;
+何をしたいか聞いてくるので、「Align」を選択する。&br;
&ref(13_mode_select.png);&br;&br;
+入力した配列をタンパク質に翻訳する。
具体的には、「Translated Protein Sequences」タブをクリッ...
(ここで使用している配列は全長がタンパク質コード領域のため...
&ref(14_translate.png);&br;&br;
+Genetic Code について聞いてくるが、ここではそのまま「Yes...
&ref(15_confirm.png);&br;&br;
+「Alignment」→「Align by Muscle」を選ぶ。&br;
&ref(16_align.png);&br;&br;
+Nothing selected for alignment. Select all?
と聞いてくるので「OK」を選択する。&br;
&ref(17_confirm.png);&br;&br;
+すると、以下のようにパラメーターを聞いてくるが、そのまま...
&ref(18_params.png);&br;&br;
+計算が終わったら、「Data」→「Export Alignment」→「MEGA F...
を選択して、MEGA形式でデータを出力する。&br;
&ref(19_save.png);&br;&br;
+本講義では、 E-protein_translated.meg という名前でデータ...
&ref(20_specify_name.png);&br;&br;
+タイトルの入力を催されるが、無視して OK を押してよい。&br;
&ref(21_title.png);&br;&br;
+アライメントが終了したので、「Data」→「Exit AlnExplorer...
Alignment Explorer を終了する。&br;
&ref(22_exit.png);&br;&br;
+アライメントセッションを保存するかどうか聞いてくるが、
今回は保存せずに終了したいので「いいえ」を選択する。&br;
&ref(23_confirm.png);&br;&br;
+先ほど出力したMEGA形式のデータを開く。&br;
保存先のフォルダから E-protein_translated.meg を選択して...
&ref(24_open.png);&br;&br;
''まずはBootstrap検定なしの系統樹を作成する。''&br;
+MEGAが起動したら、 「Analysis」→「Phylogeny」→ 「Constru...
&ref(25_makePhylogeny.png);&br;&br;
+Would you like to use the currently active data? (ファイ...
と聞いてくるので、ファイル名を確認して「Yes」ボタンを押す...
&ref(26_confirm.png);&br;&br;
+パラメーターを聞いてくるので、「Test of Phylogeny」が「N...
&ref(27_params.png);&br;&br;
+しばらく待つと系統樹ができあがる。&br;
&ref(28_tree.png);&br;&br;
''次に、Bootstrap検定をしてみる。''&br;
+16からの操作を再び行い、系統樹作成のパラメーターを聞いて...
「'''No of Bootstrap Replications'''」が500になっているこ...
「Compute」ボタンを押す。&br;
&ref(29_params_bootstrap.png);&br;&br;
+しばらく待つと系統樹ができあがる。&br;
&ref(30_tree_bootstrap.png);
**課題：構築したコロナウイルスの系統樹にSARSウイルスのデ...
-SARSウイルスの配列 &ref(sars_E-protein.fasta); をダウン...
--SARS配列を追加するには、MEGA の Alignment Explorer から...
-SARS ウイルスはどの株と最も近縁であるか、このことは何を...
&br;
-さらに、SARSウイルスの配列（上記）をクエリーとしてNCBI B...
レポートには系統樹の図と系統樹作成に使用したアライメント...
''※レポート課題は変更するかもしれないので、授業で指示があ...
（BLAST検索実行時の注記）BLAST実行の際、画面下方の"Algori...
（追記）系統樹の図は、「Image」メニューからPDFなどで保存...
終了行:
*生物情報科学 第7回 [#gc930db4]
**コロナウイルスの系統樹を描いてみよう。 [#k7173e7f]
今回は配列のアライメントから系統樹の作成までをWindows上で...
MEGA6は http://www.megasoftware.net/ から無償でダウンロー...
+コロナウイルスのsmall membrane protein遺伝子（以下、E遺...
具体的にはリンクを右クリックして、メニューから「名前を付...
&ref(01_hozon.png);&br;&br;
+保存先を聞いてくるので、linuxhomeに移動し、丸で示した「...
&ref(02_makedir.png);&br;
&ref(03_dirname.png);&br;&br;
+coronaフォルダに移動して、E-protein.fastaという名前でサ...
&ref(04_hozon_place.png);&br;&br;
+MEGA5 を起動して、サンプル配列のアライメントを行う。&br;
MEGA5を起動して、「File」→「Open A File/Session」から、E-...
&ref(11_open_fasta.png);&br;&br;
+何をしたいか聞いてくるので、「Align」を選択する。&br;
&ref(13_mode_select.png);&br;&br;
+入力した配列をタンパク質に翻訳する。
具体的には、「Translated Protein Sequences」タブをクリッ...
(ここで使用している配列は全長がタンパク質コード領域のため...
&ref(14_translate.png);&br;&br;
+Genetic Code について聞いてくるが、ここではそのまま「Yes...
&ref(15_confirm.png);&br;&br;
+「Alignment」→「Align by Muscle」を選ぶ。&br;
&ref(16_align.png);&br;&br;
+Nothing selected for alignment. Select all?
と聞いてくるので「OK」を選択する。&br;
&ref(17_confirm.png);&br;&br;
+すると、以下のようにパラメーターを聞いてくるが、そのまま...
&ref(18_params.png);&br;&br;
+計算が終わったら、「Data」→「Export Alignment」→「MEGA F...
を選択して、MEGA形式でデータを出力する。&br;
&ref(19_save.png);&br;&br;
+本講義では、 E-protein_translated.meg という名前でデータ...
&ref(20_specify_name.png);&br;&br;
+タイトルの入力を催されるが、無視して OK を押してよい。&br;
&ref(21_title.png);&br;&br;
+アライメントが終了したので、「Data」→「Exit AlnExplorer...
Alignment Explorer を終了する。&br;
&ref(22_exit.png);&br;&br;
+アライメントセッションを保存するかどうか聞いてくるが、
今回は保存せずに終了したいので「いいえ」を選択する。&br;
&ref(23_confirm.png);&br;&br;
+先ほど出力したMEGA形式のデータを開く。&br;
保存先のフォルダから E-protein_translated.meg を選択して...
&ref(24_open.png);&br;&br;
''まずはBootstrap検定なしの系統樹を作成する。''&br;
+MEGAが起動したら、 「Analysis」→「Phylogeny」→ 「Constru...
&ref(25_makePhylogeny.png);&br;&br;
+Would you like to use the currently active data? (ファイ...
と聞いてくるので、ファイル名を確認して「Yes」ボタンを押す...
&ref(26_confirm.png);&br;&br;
+パラメーターを聞いてくるので、「Test of Phylogeny」が「N...
&ref(27_params.png);&br;&br;
+しばらく待つと系統樹ができあがる。&br;
&ref(28_tree.png);&br;&br;
''次に、Bootstrap検定をしてみる。''&br;
+16からの操作を再び行い、系統樹作成のパラメーターを聞いて...
「'''No of Bootstrap Replications'''」が500になっているこ...
「Compute」ボタンを押す。&br;
&ref(29_params_bootstrap.png);&br;&br;
+しばらく待つと系統樹ができあがる。&br;
&ref(30_tree_bootstrap.png);
**課題：構築したコロナウイルスの系統樹にSARSウイルスのデ...
-SARSウイルスの配列 &ref(sars_E-protein.fasta); をダウン...
--SARS配列を追加するには、MEGA の Alignment Explorer から...
-SARS ウイルスはどの株と最も近縁であるか、このことは何を...
&br;
-さらに、SARSウイルスの配列（上記）をクエリーとしてNCBI B...
レポートには系統樹の図と系統樹作成に使用したアライメント...
''※レポート課題は変更するかもしれないので、授業で指示があ...
（BLAST検索実行時の注記）BLAST実行の際、画面下方の"Algori...
（追記）系統樹の図は、「Image」メニューからPDFなどで保存...
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