BioRubyExample01
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[[BioRubyExample01]]
* Ruby(BioRuby)プログラムの例 [#x7c3f627]
** 自動的に配列データを取得するプログラムの例 [#z9d5bbac]
MEGA実習でやったデータを自動でNCBIから取得・整形するプロ...
BioRubyを使用している。
gem 'bio'
require 'bio'
ids = [
[ "NM_001100.2", "Homo sapiens ACTA1" ],
[ "BC016045.1", "Homo sapiens ACTB" ],
[ "NM_001614.2", "Homo sapiens ACTG1" ],
[ "NM_001615.2", "Homo sapiens ACTG2" ],
[ "NM_001613.1", "Homo sapiens ACTA2" ],
[ "BC014877.1", "Mus musculus Acta1" ],
[ "BC023248.1", "Mus musculus Actg1" ],
[ "BC045406.1", "Danio rerio acta1" ],
[ "AF057040.1", "Danio rerio beta-actin" ],
[ "D87740.1", "Oryzias latipes OlMA1" ],
[ "D89627.1", "Oryzias latipes OlCA1" ],
[ "K00667.1", "Drosophila melanogaster actin" ],
[ "L00026.1", "Saccharomyces cerevisiae actin" ],
[ "D49830.1", "Pneumocystis carinii actin" ],
[ "U37281.1", "Arabidopsis thaliana actin-2" ],
[ "AB047313.1", "Oryza sativa Japonica Group actin" ],
]
filename = ARGV[0] || File.basename(__FILE__, ".rb") + "...
w = File.open(filename, (File::WRONLY | File::CREAT | Fi...
$stderr.puts "Output: #{filename}"
ncbi = Bio::NCBI::REST.new
ids.each do |a|
id = a[0]
desc = a[1]
# fetch the sequence from NCBI
txt = ncbi.efetch(id, {"db"=>"nucleotide", "rettype"=>"...
#puts txt
# parse the GenBank formatted text
gb = Bio::GenBank.new(txt)
$stderr.print gb.acc_version, " ", gb.definition, "\n"
# pick up the first CDS region
cds = gb.features.find { |f| f.feature == "CDS" }
#$stderr.print "CDS ", cds.position.inspect, "\n"
# get the sequence
s = gb.naseq.splicing(cds.position)
# output FASTA-formatted text
w.print s.to_fasta(desc, 70)
end
w.close
上記をコピーペーストしてもよいが、以下からダウンロードも...
#ref(example01.rb)
*** 事前準備 [#gf7fc3e0]
BioRubyを使用しているため、事前に「Start Command Prompt w...
*** このプログラムの使用方法 [#nba57c34]
- ruby example01.rb のようにコマンドを入力する。
- ファイル名を特に指定しないと example01-output.fst とい...
- ruby example01.rb filename.fst のようにファイル名を指定...
- 出力ファイルが既に存在する場合はエラーになる（ようにプ...
MEGA で読み込む際は、「File」→「Open A File/Session」から...
** 応用 [#f956b03b]
このプログラムの、配列データのIDとその説明の部分を書き換...
配列データは、NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）などで...
*** このプログラムの注意点 [#se68b1bc]
- このプログラムは、CDSが1個だけある配列データにのみ適応...
** 高度な応用 [#n429dd5a]
このプログラムでは、ダウンロードするデータのID等をプログ...
終了行:
[[BioRubyExample01]]
* Ruby(BioRuby)プログラムの例 [#x7c3f627]
** 自動的に配列データを取得するプログラムの例 [#z9d5bbac]
MEGA実習でやったデータを自動でNCBIから取得・整形するプロ...
BioRubyを使用している。
gem 'bio'
require 'bio'
ids = [
[ "NM_001100.2", "Homo sapiens ACTA1" ],
[ "BC016045.1", "Homo sapiens ACTB" ],
[ "NM_001614.2", "Homo sapiens ACTG1" ],
[ "NM_001615.2", "Homo sapiens ACTG2" ],
[ "NM_001613.1", "Homo sapiens ACTA2" ],
[ "BC014877.1", "Mus musculus Acta1" ],
[ "BC023248.1", "Mus musculus Actg1" ],
[ "BC045406.1", "Danio rerio acta1" ],
[ "AF057040.1", "Danio rerio beta-actin" ],
[ "D87740.1", "Oryzias latipes OlMA1" ],
[ "D89627.1", "Oryzias latipes OlCA1" ],
[ "K00667.1", "Drosophila melanogaster actin" ],
[ "L00026.1", "Saccharomyces cerevisiae actin" ],
[ "D49830.1", "Pneumocystis carinii actin" ],
[ "U37281.1", "Arabidopsis thaliana actin-2" ],
[ "AB047313.1", "Oryza sativa Japonica Group actin" ],
]
filename = ARGV[0] || File.basename(__FILE__, ".rb") + "...
w = File.open(filename, (File::WRONLY | File::CREAT | Fi...
$stderr.puts "Output: #{filename}"
ncbi = Bio::NCBI::REST.new
ids.each do |a|
id = a[0]
desc = a[1]
# fetch the sequence from NCBI
txt = ncbi.efetch(id, {"db"=>"nucleotide", "rettype"=>"...
#puts txt
# parse the GenBank formatted text
gb = Bio::GenBank.new(txt)
$stderr.print gb.acc_version, " ", gb.definition, "\n"
# pick up the first CDS region
cds = gb.features.find { |f| f.feature == "CDS" }
#$stderr.print "CDS ", cds.position.inspect, "\n"
# get the sequence
s = gb.naseq.splicing(cds.position)
# output FASTA-formatted text
w.print s.to_fasta(desc, 70)
end
w.close
上記をコピーペーストしてもよいが、以下からダウンロードも...
#ref(example01.rb)
*** 事前準備 [#gf7fc3e0]
BioRubyを使用しているため、事前に「Start Command Prompt w...
*** このプログラムの使用方法 [#nba57c34]
- ruby example01.rb のようにコマンドを入力する。
- ファイル名を特に指定しないと example01-output.fst とい...
- ruby example01.rb filename.fst のようにファイル名を指定...
- 出力ファイルが既に存在する場合はエラーになる（ようにプ...
MEGA で読み込む際は、「File」→「Open A File/Session」から...
** 応用 [#f956b03b]
このプログラムの、配列データのIDとその説明の部分を書き換...
配列データは、NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）などで...
*** このプログラムの注意点 [#se68b1bc]
- このプログラムは、CDSが1個だけある配列データにのみ適応...
** 高度な応用 [#n429dd5a]
このプログラムでは、ダウンロードするデータのID等をプログ...
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