FASTA実行例
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開始行:
* FASTA を使って相同性のある配列を検索してみよう [#u04e83...
$ fasta-36.3.6d/bin/fasta36
FASTA プログラムのあるディレクトリで実行する場合は ./fast...
~
$ ./fasta36
実行すると以下のように簡単な使い方が表示される（詳細な使...
USAGE
fasta36 [-options] query_file library_file [ktup]
fasta36 -help for a complete option list
DESCRIPTION
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version: 36.X.XX Xxx, 201X
COMMON OPTIONS (options must preceed query_file library_...
-s: [BL50] scoring matrix;
-f: [-10] gap-open penalty;
-g: [-2] gap-extension penalty;
-S filter lowercase (seg) residues;
-b: high scores reported (limited by -E by default);
-d: number of alignments shown (limited by -E by defau...
-I interactive mode;
コマンドラインから配列名をオプションに与えて実行する。
$ ~/fasta-36.3.6d/bin/fasta36 test.fst uniprot_sprot.fas...
（">"の記号を忘れずに。）
- test.fst: 調べたい配列の入ったファイル名。
- uniprot_sprot.fasta: ライブラリ(データベース)のファイル...
- test.fasta36: 結果ファイル名。存在するファイルを指定す...
終了行:
* FASTA を使って相同性のある配列を検索してみよう [#u04e83...
$ fasta-36.3.6d/bin/fasta36
FASTA プログラムのあるディレクトリで実行する場合は ./fast...
~
$ ./fasta36
実行すると以下のように簡単な使い方が表示される（詳細な使...
USAGE
fasta36 [-options] query_file library_file [ktup]
fasta36 -help for a complete option list
DESCRIPTION
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version: 36.X.XX Xxx, 201X
COMMON OPTIONS (options must preceed query_file library_...
-s: [BL50] scoring matrix;
-f: [-10] gap-open penalty;
-g: [-2] gap-extension penalty;
-S filter lowercase (seg) residues;
-b: high scores reported (limited by -E by default);
-d: number of alignments shown (limited by -E by defau...
-I interactive mode;
コマンドラインから配列名をオプションに与えて実行する。
$ ~/fasta-36.3.6d/bin/fasta36 test.fst uniprot_sprot.fas...
（">"の記号を忘れずに。）
- test.fst: 調べたい配列の入ったファイル名。
- uniprot_sprot.fasta: ライブラリ(データベース)のファイル...
- test.fasta36: 結果ファイル名。存在するファイルを指定す...
ページ名:
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