2021/5/26
をテンプレートにして作成
[
トップ
] [
新規
|
一覧
|
検索
|
最終更新
|
ヘルプ
|
ログイン
]
開始行:
[[2021/5/26]]
* 第6回（2021/05/26）補足 [#p77689b4]
MacにRubyをインストールする方法と、インストールせずにGoog...
** MacにRubyをインストール [#k34f0267]
+ Xcode を Mac App Store からインストール。
+ Command Line Tools for Xcode を以下のようにダウンロード...
++ Xcodeを起動する。起動画面にXcodeのバージョンが表示され...
++ Xcodeのメニューの Xcode => Open Developer Tool => More...
++ Command Line Toolsの一覧が表示されるので、メモしたXcod...
++ ダウンロードしたファイルをダブルクリックしてインストール
+ https://brew.sh/index_ja の手順に従って HomeBrew をイン...
+ Terminal.app を起動して、
brew install ruby@2.7
のコマンドを入力して、Rubyバージョン2.7.*をインストールす...
その後、gem install bio としてBioRubyをインストールする等...
** Google Colab でRubyを実行 [#o4869b82]
パソコンの環境の問題でRubyのインストールが上手くいかない...
- Googleアカウント（Gmailのアカウント）が必要となる。持っ...
- ウェブブラウザとしてGoogle Chromeを使用すること。（Fire...
+ https://qiita.com/ngotogenome/items/d95a7a66c63e26b23de...
+ 下記のスクリプトのidsの部分（配列のIDの部分）をテキスト...
gem 'bio'
require 'bio'
ids = [
[ "NM_001100.2", "Homo sapiens ACTA1" ],
[ "BC016045.1", "Homo sapiens ACTB" ],
[ "NM_001614.2", "Homo sapiens ACTG1" ],
[ "NM_001615.2", "Homo sapiens ACTG2" ],
[ "NM_001613.1", "Homo sapiens ACTA2" ],
[ "BC014877.1", "Mus musculus Acta1" ],
[ "BC023248.1", "Mus musculus Actg1" ],
[ "BC045406.1", "Danio rerio acta1" ],
[ "AF057040.1", "Danio rerio beta-actin" ],
[ "D87740.1", "Oryzias latipes OlMA1" ],
[ "D89627.1", "Oryzias latipes OlCA1" ],
[ "K00667.1", "Drosophila melanogaster actin" ],
[ "L00026.1", "Saccharomyces cerevisiae actin" ],
[ "D49830.1", "Pneumocystis carinii actin" ],
[ "U37281.1", "Arabidopsis thaliana actin-2" ],
[ "AB047313.1", "Oryza sativa Japonica Group actin" ],
]
w = $stdout
ncbi = Bio::NCBI::REST.new
ids.each do |a|
id = a[0]
desc = a[1]
# fetch the sequence from NCBI
txt = ncbi.efetch(id, {"db"=>"nucleotide", "rettype"=>"...
#puts txt
# parse the GenBank formatted text
gb = Bio::GenBank.new(txt)
#$stderr.print gb.acc_version, " ", gb.definition, "\n"
# pick up the first CDS region
cds = gb.features.find { |f| f.feature == "CDS" }
#$stderr.print "CDS ", cds.position.inspect, "\n"
# get the sequence
s = gb.naseq.splicing(cds.position)
# output FASTA-formatted text
w.print s.to_fasta(desc, 70)
end
nil
実行すると画面に出力されるので、出力された結果をテキスト...
なお、いちどブラウザを閉じた後で再度実行したい場合は、Goo...
終了行:
[[2021/5/26]]
* 第6回（2021/05/26）補足 [#p77689b4]
MacにRubyをインストールする方法と、インストールせずにGoog...
** MacにRubyをインストール [#k34f0267]
+ Xcode を Mac App Store からインストール。
+ Command Line Tools for Xcode を以下のようにダウンロード...
++ Xcodeを起動する。起動画面にXcodeのバージョンが表示され...
++ Xcodeのメニューの Xcode => Open Developer Tool => More...
++ Command Line Toolsの一覧が表示されるので、メモしたXcod...
++ ダウンロードしたファイルをダブルクリックしてインストール
+ https://brew.sh/index_ja の手順に従って HomeBrew をイン...
+ Terminal.app を起動して、
brew install ruby@2.7
のコマンドを入力して、Rubyバージョン2.7.*をインストールす...
その後、gem install bio としてBioRubyをインストールする等...
** Google Colab でRubyを実行 [#o4869b82]
パソコンの環境の問題でRubyのインストールが上手くいかない...
- Googleアカウント（Gmailのアカウント）が必要となる。持っ...
- ウェブブラウザとしてGoogle Chromeを使用すること。（Fire...
+ https://qiita.com/ngotogenome/items/d95a7a66c63e26b23de...
+ 下記のスクリプトのidsの部分（配列のIDの部分）をテキスト...
gem 'bio'
require 'bio'
ids = [
[ "NM_001100.2", "Homo sapiens ACTA1" ],
[ "BC016045.1", "Homo sapiens ACTB" ],
[ "NM_001614.2", "Homo sapiens ACTG1" ],
[ "NM_001615.2", "Homo sapiens ACTG2" ],
[ "NM_001613.1", "Homo sapiens ACTA2" ],
[ "BC014877.1", "Mus musculus Acta1" ],
[ "BC023248.1", "Mus musculus Actg1" ],
[ "BC045406.1", "Danio rerio acta1" ],
[ "AF057040.1", "Danio rerio beta-actin" ],
[ "D87740.1", "Oryzias latipes OlMA1" ],
[ "D89627.1", "Oryzias latipes OlCA1" ],
[ "K00667.1", "Drosophila melanogaster actin" ],
[ "L00026.1", "Saccharomyces cerevisiae actin" ],
[ "D49830.1", "Pneumocystis carinii actin" ],
[ "U37281.1", "Arabidopsis thaliana actin-2" ],
[ "AB047313.1", "Oryza sativa Japonica Group actin" ],
]
w = $stdout
ncbi = Bio::NCBI::REST.new
ids.each do |a|
id = a[0]
desc = a[1]
# fetch the sequence from NCBI
txt = ncbi.efetch(id, {"db"=>"nucleotide", "rettype"=>"...
#puts txt
# parse the GenBank formatted text
gb = Bio::GenBank.new(txt)
#$stderr.print gb.acc_version, " ", gb.definition, "\n"
# pick up the first CDS region
cds = gb.features.find { |f| f.feature == "CDS" }
#$stderr.print "CDS ", cds.position.inspect, "\n"
# get the sequence
s = gb.naseq.splicing(cds.position)
# output FASTA-formatted text
w.print s.to_fasta(desc, 70)
end
nil
実行すると画面に出力されるので、出力された結果をテキスト...
なお、いちどブラウザを閉じた後で再度実行したい場合は、Goo...
ページ名:
![[PukiWiki]](image/pukiwiki.png "[PukiWiki]")
