About CCresid
対照配列とテスト配列を入力して、
テスト配列が対照配列の保存されている部分と一致しているかどうかを
視覚的に表示するプログラム。
1．入力データとフォーマット
入力配列にはアライメント済みのヌクレオチド配列、
アミノ酸配列を用る。配列フォーマットはMmulti fasta
フォーマットにのみ対応している。
アミノ酸配列の一致、不一致にはスコアリングマトリックスを使用し、
BLOSUM45、BLOSUM62、BLOSUM80、PAM30、PAM70をリストから選択できる。
入力配列がヌクレオチドの場合には一致か不一致かだけを判定する
nucleotideテーブルを選択する必要がある。
2．結果表示
結果はHTML形式で別ウインドウに表示される
（タブブラウザの場合は、設定により別タブに表示される場合もある）。
対照配列で完全に保存されており、テスト配列でも保存されている残基は
ピンク色
に着色される。テスト配列の残基と似た残基が対象配列に
存在する場合には
黄色
に着色される（似ているかどうかという判定は
スコアリングマトリックスに依存する）。テスト配列の残基が対象配列の
残基のそれとも似ていない場合は
灰色
に着色される。インサーション記号(-)
には着色されない（図２）。
配列の右端に表示されるScoreにはピンクまたは黄色で着色された残基の数が表示される。