History of uhmin tools

2013年

4月5日
マルチプルアライメント Multiple sequence alignment
・アミノ酸の読み枠を考慮したアライメントが可能になりました。
tranalignを選択してコーディングフレームを入力すると、アミノ酸に翻訳した後に mafft の自動モードでアライメントを行い、アミノ酸アライメントの結果を元に塩基配列をアライメントします。
タンパクコード領域塩基配列のマルチプルアライメントのサイトを参考にさせてもらいました。感謝！

sqdifPlot
・配列が大文字のものと小文字のものを比較すると別の残基としてカウントされる不具合を修正しました。

2月22日
Sqdif Plot
・Sqdif Plot のメインプログラム sqdifC のソースコードを GitHub に公開しました。 link

1月30日
アライメントの色付け (AlignColor)
・アラニン(A)が水色(親水性)で表示されていたのを、サーモンピンク(疎水性)で表示されるように変更しました。
・アミノ酸の着色モードパターンを追加しました。

1月16日
blastmatrix, Annotation helper
・システム更新の影響で動作していませんでしたが、修復し、今は動くようになりました。

2012年

9月２４日
AlignColor2 NEW!
・「アライメントの色つけ」の二代目を作成しました。配色が細やかになり、入力フォーマットをfasta形式に変更しました。
9月11日
・2012年4月のシステム更新に伴い幾つかのプログラムが動作していませんでした。現在動作しないことがわかっているのは以下のサービスです。

Annotaion helper
blastmatrix (multi blastmatrix は動作しています。)

2011年

7月20日
Color-Bar Plot
・プロットする列を指定できるようにしました。
・表示するレンジを手動で指定できるようにしました。（例えば、100を超えるとそれ以上色が変わらないなど）

7月12日
SqdifPlot NEW!
・シノニマス変異、ノンシノニマス変異率を計算するプログラムを公開しました。
MolConc NEW!
・任意の量・任意のモル濃度の溶液を調整するときに必要な試薬の量を計算するプログラムを公開しました。

2010年

5月17日
blastmatrix, genbank mirror ID search, mapping
・サーバーのPHPのバージョンアップによって正常に動作しなくなっていたこれらのプログラムを修正しました。他に動作がおかしいと思われるプログラムがありましたらご一報ください。

2009年

10月15日
blastmatrix
・相同性があるにもかかわらず、相同性なし、と表示してしまうバグを修正しました。これに伴い、今までは内部で bl2seq を使っていたところを blastall を使うようにしました。

10月6日
Color-Bar Plot NEW!
・テーブル形式のデータからカラーバーを作製するプログラムです。

7月14日
Consensus
・6月30日に追加したグラフ描画機能が正常に機能しない場合があるバグを修正しました。
・window size, slide, グラフの幅を指定できるようにしました。

6月30日
Consensus
・結果をグラフにプロットする機能を追加しました。

6月25日
Count sequence population NEW!
・入力配列の中から同一の配列が何本含まれているかを数え、ユニークな配列のリストを出力します。
・また、Shannon-Wiener の多様度指数 (H) も計算します。

4月18日
コンセンサス
・テーブル形式で出力するときに、シャノンの情報量も出力するようにしました。

2月24日
Nucleic and/or Amino Acid contents
・アミノ酸配列計算時に配列にA,T,G,C を含まない配列を入力すると "No valid sequence was found "という表示を出して計算が始まらない不具合を修正しました。

2月21日
extractCD
・Internet Explorler 7 で正常にサブミットできず、同じページを繰り返し読み込んでしまうバグを修正しました。

2008年

12月8日
extractCD
・あまり相同性がないヒットを除外するために cover ratio で出力制限できるようにしました。
・トップヒットだけでなくトップN個までヒットを取得できるようにしました。
・ヒットした配列の名前を部分配列名の中に書くようにしました。
・入力配列があまりにも多すぎると結果が出る前にタイムアウトしてしまう現象を解消できたと思います。

12月8日
Nucleic and/or Amino Acid contents
・タンパク質濃度測定法の出典を追加しました。 SE36に関しては1995年の方法がより正確な値を出すそうです。

12月1日
annotation helper
・クエリがデータベースとヒットした部分配列を抽出できるようにしました。複数のクエリが共通の配列にヒットしたことを見つけるのにも役立ちます。検索結果のTry Grouping というリンクをクリックしてみてください。

11月14日
コンセンサス
・tabular format での出力の時に、残基の位置のカウントがゼロから始まるのは分かりにくいという指摘を受けて、１から始めるように変更しました。
・テーブル形式の最後の残基の部分にに必ずインサーション(-)が挿入される不具合を修正しました。
・fasta like format での出力の時に入力配列の全てがインサーション(-)のサイトが表示されない不具合を修正しました。

10月9日
コンセンサス
・出力される結果が見にくかったので、テーブル形式で出力できるようにした。

9月25日
ORF finder
・コドンの指定にNなどのようなあいまいな塩基を指定できるようにしました。 Start codon 欄に NNN と入力すると ORFを全てのコドンから開始できるように出来ます。

9月12日
CCResid
・長い配列を入力すると結果が一部表示されなくなるバグを修正しました。

9月10日
CCResid
・長い配列は折り返して表示できるようにしました。
・コピー&ペーストで色情報もコピーできるようにしました。

8月22日
ORF finder と reverse complement 不具合からの復旧
・日本語ドキュメントを追加するときに配列入力欄に不要な空白文字を追加してしまいました。
そのせいでクエリが正常にサブミットできない場合がありましたが、本日修正しました。
ご迷惑をおかけしてすみませんでした。
GO homology (仮) NEW!
・配列から Gene Ontology を推定してくれる適当なウエブサービスが見つからなかったので、入力配列から Gene Ontology を推定するプログラムを作成・公開しました。

8月20日
Z-matrix Converter NEW!
・gamess のアウトプットファイルにある Z-matrix から Winmostar で直接編集可能な Z-matrix 形式に変換できるプログラムを作成しました。

8月19日
Multi BLAST Matrix
・BLAST 検索時の word size を変更できるようにした。
・BLAST 結果の生データを表示できるようにした。
主要な解析ページで
・ドキュメントを解析ページにも書くようにした。
・日本語の解説と英語の解説の両方を書くようにした。（英語には自信がないので間違っている点があったら指摘していただけるとありがたい）

8月18日
extractCD NEW!
・NCBIのRPS-BLASTを使って入力配列中の既知の保存ドメインの部分を抽出するプログラムを公開した。
CCResid NEW!
・対照配列とテスト配列を比較して、対象配列で保存されている残基をハイライトするプログラムを公開した。

6月25日
Nucleic contents　改め Nucleic and/or Amino Acid contents
・名前の通り、アミノ酸組成も計算できるようにした。
・K, R, H, D, E の数から電荷を計算する機能を追加した。
・更に、リクエストがあったので、アミノ酸配列と紫外線吸光度からタンパク質濃度を計算する機能を追加した。

5月13日
GO Chase
・simple モードでBiological process、Cellular component も追跡できるようにした。 Multiple sequence alignment
・mafft のオプションを細かく調節できるようにした。
CGI checker NEW!
・CGI checkerにフォームをサブミットすると、どのようなデータが送信されたか見ることができる。
遺伝情報解析ツールではないですが、 WEB アプリ開発に使えそうです。

5月6日
ORF finder
・ORFをグラフィカルに表示できるようにした。

4月11日
On Demand Mapping
・アライメントの不具合を修正した。
Mapping Viewer
・マッピングデータベースの種類を選ぶ部分を改良した。
また、region search モードでもアライメントへのリンクを使えるようにした。
annotation helper
・表示されるアノテーションの文字数を制限できるようにした。(まだ改良の余地あり)

2月 19日までに
On Demand Mapping
・サーバーから消去されたデータのヒストリーを表示しないようにした。
・マッピングされたデータのアライメントを簡単に見られるようにした。
annotation helper
・サーバーから消去されたデータのヒストリーを表示しないようにした。
・retrieval ページで、サブミットしたした query 配列をとれるようにした。
　(以前はアクセッション番号から検索していた)。
・コメントを日本語で入力すると文字化けすることがあるバグを修正した。

2月 1日
On Demand Mapping
・こまごまとしたバグ修正。結果表示部分の変更など。

1月11日
On Demand Mapping
・マッピングのアルゴリズムにBLATを選択できるようにした(今まではSIM4を使っていた)。但し、調整がうまくいっていないので、BLATを使うと、splicing dinucleotide を検出しない。

2007年

12月8日
On Demand Mapping
・マッピング結果がより直観的にわかるようにエクソン、イントロンを図示するようにした。
・注意すべき結果をハイライトするようにした。

12月5日
On Demand Mappingとannotation helper
・履歴欄にコメントを表示できるようにした。
Align to Fasta
・配列名の表示がおかしくなるバグを修正した。

11月16日
理研遺伝子の転写開始点上流領域を取ってくる (extract upstream region)
・今まではリクエストしたIDと出力する配列の順番がばらばらだったが、リクエストと出力の順番が同じになるようにした。

11月15日
On Demand Mapping
・選択できるゲノムの種類を増やした。追加したゲノムは、

カモノハシ	NCBI build1.1
ニワトリ	NCBI build2.1
ゼブラフィッシュ	NCBI Zv6
ミツバチ	NCBI Amel4.0
ムラサキウニ	NCBI Spurv2.1
センチュウ	NCBI WS170

10月13日
blastmatrix
・リクエストに応えて、マトリックスと一緒にアライメントを表示するようにした。

9月17日
CDsearch
・CDDデータベースをCDD.v.2.12 (2007' Aug. 2)に更新した。

9月11日
consensus
・アライメントした配列からコンセンサス配列を見つけるためのプログラムを公開した。 NEW!

8月29日
On Demand Mapping
・マッピングしたゲノム領域を取得できるようにした。
Annotation Helper と On Demand Mapping
・result IDをcookieで保存して、過去の検索結果を簡単に引き出せるようにした。
ooTFD mirr
・参考文献へのリンクをつけた。

7月6日
Multiple sequence alignment
・clustalwに加え、mafftも使えるようにした。

7月5日
Histogram NEW!
・コマンドライン版histogram.plをウエブ上でも使えるようにした。

7月4日
Multi BLAST Matrix
・正常に動作しなくなっていたのを修正した。
Align to fasta
・結果出力の際、一行あたりの文字数を指定できるようにした。 (デフォルトは60文字/行)

6月28日
DBEXT
・結果のフルスクリーン表示を出来るようにした。

6月15日
On Demand Mappingとannotation helper、及び日本語インデックスのページ
・検索結果を新しいウィンドウで開くオプションがOpera、Safariで動かない不具合を修正した。(JavaScriptの予約語のせいらしい)
・同様に、日本語インデックスのJump toショートカットがOpera、Safariで動かない不具合を修正した。(これも予約語のせいらしい)

6月13日
On Demand Mappingとannotation helper
・検索結果を新しいウィンドウで開くオプションを追加した。
On Demand Mapping
・ひとつの配列が複数の染色体と相同性を持つ時にそれぞれの染色体でマッピングしたときの結果を表示できるようにした、但しこのオプションを使用すると一部の情報が表示されなくなる。(開発途上のため)

6月12日
extract upstream region
・正常に動作しなくなっていたのを修正した。 (データファイルの置き場所が変わっていたため)

6月11日
On Demand Mapping NEW!
・Sim4とmegablastを使用した自動マッピングシステムを公開した。
・現在マッピングに使えるゲノムはHuman (UCSC build 18), Mouse (UCSC build 8), Pan (UCSC), Macaca (UCSC)

6月8日
annotation helper
・デフォルトのE-valueを1e-3から10に変更した。
・結果表示の時に、相補配列に相同性があるものは'percent to max score' の部分をイタリックの青字にして目立つようにした。
・queryにヒットしたデータベースの長さが指定した比率を超える場合には結果画面に表示しない様にするオプションを作った。

5月28日
annotation helper
・クエリー入力画面を少し変えた。

5月21日
ORF finder
・相補配列を検索しないオプションを追加した。
・スタートコドン、ストップコドンを指定できるようにした。
・ORF検索時の詳細データを表示できるようにした。
reverse complement NEW!
・相補配列を返すプログラムを作成した。
・所謂 reverse complement 配列だけでなく、reverse だけ、complementだけの配列も作れる。

5月16日
・不具合により履歴の一部を消失した。
uhmin ooTFD mirror (?)
・本家ooTFDは大量処理には適していないのと、JAVAを必要とするので、自分の都合のいいようにUIを作成した。データは本家のをダウンロードして使わせてもらっている
Multi BLAST Matrix
・今まではSVGのみ出力していたが、PNG形式にも対応した。

5月12日
annotation helper
・Conserved Domain searchに対応した。
・Percent to max scoreは今まではqueryの長さからしか計算していなかったが、ヒットしたdatabaseの長さからも計算するようにし、カッコ内に示すようにした。

5月10日
matrix view in annotation helper
・入力したのと同じ名前の配列にヒットすると表示がおかしくなるバグを修正した。
・リクエストIDを表示するようにした。
matrix view
・Scoreが大きくなり指数表現になると表示がおかしくなるバグを修正した。

4月30日
blastmatrix
・identityが低いほど青っぽい色になるようにした。順鎖方向は赤、逆鎖方向は緑を基調にしているのは今までと同じ。

4月30日
annotation helper
・query配列とマッチした配列の長さの比を表示するようにした。
・BLASTでヒットした部分のホモロジーマトリックスを blastmatrixエンジンを使って表示するようにした。

4月28日
annotation helper
・必要な配列だけを抽出できるようにチェックボックスを加えた。
・検索配列取得のためのリンクを加えた。
・相同性情報へのリンクの位置を変えた。
・相同性情報ページの改良及びバグフィックスいろいろ。

4月27日
genbank mirror ID search (DBEXT)
・genbankフォーマット取得時に発生していたエラーを出なくした。
annotation helper
・計算終了をメールで知らせるときにsubjectにコメントで入力した内容を表示させるようにした。
・間違ってデータを消すことがないように、「データを消す」ボタンを押した時には確認のメッセージを出すようにした。
・ヒットした配列との相同性情報(アライメントなど)へのリンクを参照できるようになった。

4月26日
annotation helper
・今までのblastn, blastpに加え、 tblastn, blastx, tblastxが検索対象となった。
・IEでサブミットできない問題を修正した。
・アノテーション検索中と検索終了後のアイコンを変えました。これにより、画面全体を注視しなくても計算が終わったかどうかが簡単にわかる。

更新履歴