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研究のページ

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更新履歴 (2013' Apr. 5)

遺伝情報実験センターのシステム更新に伴い、 2017年2月でこのページが閉鎖される恐れが出てきました。
つきましては、避難先を作成しました。まだ構築途中ではありますが、2017年2月以降は避難先からサービスをご利用ください。
ご質問などありましたらお気軽にご連絡ください。

人気の解析サービス：	Nucleic and/or Amino Acid contents , reverse complement , ORF finder
お勧めの解析サービス：	ORF finder , blastmatrix , Annotation helper , Ondemand Mapping

アライメントの色付け２ NEW! (120924): アライメントしたfasta配列に色を付けたい時に。
「アライメントの色付け」よりも細かい色が出せるようになりました。

MolConc: 任意の量・任意のモル濃度の溶液を調整するときに必要な試薬の量を計算します。

Sqdif Plot ^{UP DATE (13' Apr.5)}: Miyata-Yasunaga法、またはNei-Gojobori法を使って塩基配列のシノニマス置換率、ノンシノニマス置換率を計算します。
配列の領域ごとに計算し、シノニマス・ノンシノニマス変異率の領域による違いをグラフにすることも可能です。

Color-Bar Plot: プロットデータからカラーバーを描画します。

Count sequence population: 入力配列の中から同一の配列が何本含まれているかを数え、ユニークな配列のリストを出力する。また、Shannon-Wiener の多様度指数 (H) も計算する。

GO homology: 入力配列の Gene Ontology を推定するプログラム。

Z-matrix Converter: gamess のアウトプットファイルにある Z-matrix から Winmostar で直接編集可能な Z-matrix 形式に変換できます。

extractCD: 入力された配列をNCBIのCCDデータベース（保存ドメインデータベース）に対して RPS-BLAST 検索を行い、最も相同性の高いドメインと相同性のあった部分を抽出するプログラム。

CCResid: 対照配列とテスト配列を入力して、テスト配列が対照配列の保存されている部分と一致しているかどうかを視覚的に表示するプログラム。

CGI checker: CGIでどのよう情報がサブミットされているか知りたいときに。
サブミット先をこのリンク先に変更するといろいろ見えます。

コンセンサス: マルチファスタ配列のコンセンサス配列を見つけるために、どのサイトにどの残基がどれだけ使われているかがわかる。

ヒストグラム: コマンドライン版ヒストグラムをwebでも使えるようにしたもの。

Ondemand Mapping: Sim4 又は BLAT と、megablaastを使ったマッピングシステム

Annotation helper: ncbiのnrをデータベースにBLAST検索を行います。; アノテーションを決めやすくするために出力型式を工夫しました。

genbank mirr ID search: 遺伝情報実験センターのGenBankミラーデータベースから配列を取得します。

マッピングのページ Genome Mapping Viewer on Web: ヒト、マウスのゲノムマッピングデータベース

blastmatrix のページ Homology Matrix powered by BLAST: 高速なホモロジーマトリックス描画サービス; メガベースペアくらいまでは描画可能！

multi blastmatrix のページ blastmatrix for multifasta: マルチファスタに対応させたblastmatrix; 複数配列のアライメントを一望に出来ます。

ORF finder: 入力したマルチファスタ配列からORFを切り出す。; オプションでORFを翻訳することも可能。

reverse complement: 入力したマルチファスタ配列の相補配列を返すプログラム。

ooTFD mirr: 本家ooTFDはJAVAを必要とする上に大量処理に向いていないので自分の使いやすいように、CGIを作成した。

理研遺伝子の転写開始点上流領域を取ってくる: ゲノムにはUCSCのmm5を使用しました。

Nucleic and/or Amino Acid contents: 入力した塩基配列のGC含量またはアミノ酸含量を計算します。
アミノ酸含量を計算する際は、分子量と電荷も推定します。
更に、紫外線吸光度を入力すると、タンパク質濃度を計算します。

GO chase: Gene Ontologyのアノテーションを調べるツールです。

PRESERVE: 配列中のN文字のパターンの出現頻度を計算します。

Need Assemble?: PRESERVE 等でリストされたパターンをアセンブルするサービス

マルチプルアライメント ^{UP DATE (13' Apr.5)}: clustalw 又は mafft を使った普通のマルチプルアライメント
2013年4月5日からアミノ酸を考慮したアライメントが出来るようになりました。
tranalignを選択してコーディングフレームを入力すると、アミノ酸に翻訳した後に mafft の自動モードでアライメントを行い、アミノ酸アライメントの結果を元に塩基配列をアライメントします。

アライメントの色付け: アライメントに色をつけたいときに。

align形式からmultifastaへ変換: アライメントしてしまったデータをfastaフォーマットに戻したいときに

DoCoNo: キー配列が対象のマルチファスタ配列のどこにあるか検索する

テキスト解析のページ: 入力された文書の中から使用頻度の高い単語をリストアップする(英語専用)

Gene Web III: 大阪大学遺伝情報実験センターの誇る遺伝子解析ツール群

Color-Bar Plot

blastmatrix

annotation helper

mapping

assemble

align color

multi blastmatrix

List of Tissue-Specific Genes

研究の熟成倉庫: 管理人専用

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