logo Sqdif Plot: calculates and plots Ks/Ka

Sequence (Aligned protein coding nucleic sequences are required)

Window Size: Slide:
Use Nei-Gojobori method (otherwise, Miyata Yasunaga method will be used)
see sample / clear

Materials and Methods

入力された全ての2配列の組について配列の相違度およびKs、 Kaを計算する。 Ks、Kaの計算については
Miyata, T., and Yasunaga, T., 1980. Molecular evolution of mRNA: A method for estimating evolutionary rates of synonimous and amino acid substitutions from homologous nucleotide sequences and its application. J. Mol. Evol. 16: 23-36
を参照した。 また、指定した window size ごとの相違度、Ks、Ka も計算してグラフに表示する。 配列のどちらか一方でも挿入がある場合には挿入の数だけwindowの幅を差し引いて 計算している。