生物情報科学 第１回 †
前半： 塩基およびアミノ酸配列の解析（安永）
後半： 立体構造解析（中村）
実習で用いる計算機 †
ハードウェア：IBM PC互換機
オペレーティングシステム（OS）: Windows 8
今日の目標 †
- Unix の基本的なコマンドを使えるようになる。
- データやプログラムの入力に必要なエディタを使えるようになる。
Unix 系 OS 利用の基礎 †
ファイルシステム †
Unix 系 OS の最大の特徴は、すべてを ファイルとして取り扱うということ。 そのため、キーボードやプリンタなどのデバイスも ファイルとして取り扱うことができる。 ファイルシステムがツリー構造をとっているのも Unix 系 OS 大きな特徴のひとつ。
- 計算機に login する。 具体的な方法は授業で指示する。
- 端末エミュレータを起動する。
- 自分がファイルシステムのどこにいるか確認する。
pwd コマンド (Print name of current/Working Directory)
login 時に位置付けられるディレクトリをホームディレクトリという。
- 簡単な内容のファイルを作成してみる。
echo コマンド (display a line of text)
echo “文字列” > ファイル名
echo “This is the first file I created.” > first
本格的にファイルを作成するときは emacs 等のエディタを用いる。
- どんなファイルが現在のディレクトリ（カレントディレクトリ） に存在するか確認する。
ls コマンド (LiSt directory contents)
- ファイルの内容を表示させる。
cat コマンド (ConcATenate files and print on the standard output)
cat ファイル名
cat first
1ページに収まらないような大きなファイルを表示するときは、 more や less コマンドが便利。
- ファイルをコピーする
cp コマンド (CoPy files and directories)
cp コピー元ファイル名 コピー先ファイル名
cp first second
- ls コマンドで second が作成されていることを確認する。
- cat コマンドで second ファイルの内容を確認する。
- ディレクトリを作成する。
mkdir コマンド (MaKe DIRectories)
mkdir ディレクトリ名
mkdir data
- ls コマンドで data ディレクトリが出来ていることを確認する。
- ファイルの移動。 second ファイルを data ディレクトリに移動する。
mv コマンド (MoVe (rename) files)
mv ファイル名 ディレクトリ名
mv second data/
- カレントディレクトリから second ファイルがなくなっていることを確認する。
- ディレクトリを移る。
cd コマンド (Change working Directory)
cd 移動先のディレクトリ
cd data
- pwd コマンドで自分がいるディレクトリを確認する。
- ls コマンドで second ファイルが存在することを確認する。
- ファイルを消去する。
rm コマンド (ReMove files or directories)
rm ファイル名
rm second
- ls コマンドで second ファイルが消去されたことを確認する。
- 一つ上のディレクトリに移動する。
cd ..
- pwd コマンドで一つ上のディレクトリに移動したことを確認する。
- ls コマンドで存在するファイルとディレクトリを確認する。
.. 一つ上のディレクトリ
. カレント(現在の)ディレクトリ
- ディレクトリを消去する。
rmdir コマンド (ReMove empty DIRectories)
rmdir data
- ls コマンドで data ディレクトリが消去されたことを確認する。
- 再度 data ディレクトリを作成し、 data ディレクトリに移動し、 echo コマンドでファイルを作成せよ。 一つ上のディレクトリに戻りdataディレクトリを消去しようとしたら どうなるか確認する。
エディタ emacs を使えるようになる。 †
自習形式で学習する。具体的には授業で指示する。
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