*生物情報科学　第１回 [#hafa1121]

前半：　塩基およびアミノ酸配列の解析（安永）

後半：　立体構造解析（中村）

**実習で用いる計算機 [#v7d90f28]

ハードウェア：IBM PC互換機

オペレーティングシステム（OS）: Windows 7
オペレーティングシステム（OS）: Windows 8

**今日の目標 [#y3c755bf]
+Unix の基本的なコマンドを使えるようになる。
+データやプログラムの入力に必要なエディタを使えるようになる。

**Unix 系 OS 利用の基礎 [#j6659baa]
***ファイルシステム [#oebdf915]

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Unix 系 OS の最大の特徴は、すべてを ファイルとして取り扱うということ。 そのため、キーボードやプリンタなどのデバイスも ファイルとして取り扱うことができる。 ファイルシステムがツリー構造をとっているのも Unix 系 OS 大きな特徴のひとつ。

+計算機に login する。 具体的な方法は授業で指示する。 ~
+端末エミュレータを起動する。 ~
+自分がファイルシステムのどこにいるか確認する。
~ pwd コマンド (&color(blue){''P''};rint name of current/&color(blue){''W''};orking &color(blue){''D''};irectory)
~
login 時に位置付けられるディレクトリをホームディレクトリという。 ~
+簡単な内容のファイルを作成してみる。
~ echo コマンド (display a line of text)
 echo “文字列” > ファイル名
 echo “This is the first file I created.” > first
~
本格的にファイルを作成するときは emacs 等のエディタを用いる。 ~
+どんなファイルが現在のディレクトリ（カレントディレクトリ） に存在するか確認する。
~ ls コマンド (&color(blue){''L''};i&color(blue){''S''};t directory contents)
~
+ファイルの内容を表示させる。
~ cat コマンド (&color(blue){''C''};onc&color(blue){''AT''};enate files and print on the standard output)
      cat ファイル名
      cat first
1ページに収まらないような大きなファイルを表示するときは、 more や less コマンドが便利。 ~
+ファイルをコピーする
~ cp コマンド (&color(blue){''C''};o&color(blue){''P''};y files and directories)
      cp コピー元ファイル名 コピー先ファイル名
      cp first second
++ls コマンドで second が作成されていることを確認する。
++cat コマンドで second ファイルの内容を確認する。 ~
+ディレクトリを作成する。
~ mkdir コマンド (&color(blue){''M''};a&color(blue){''K''};e &color(blue){''DIR''};ectories)
      mkdir ディレクトリ名
      mkdir data
++ls コマンドで data ディレクトリが出来ていることを確認する。 ~
+ファイルの移動。 second ファイルを data ディレクトリに移動する。
~ mv コマンド (&color(blue){''M''};o&color(blue){''V''};e (rename) files)
      mv ファイル名　ディレクトリ名
      mv second data/
++カレントディレクトリから second ファイルがなくなっていることを確認する。 ~
+ディレクトリを移る。
~ cd コマンド (&color(blue){''C''};hange working &color(blue){''D''};irectory)
      cd 移動先のディレクトリ
      cd data
++pwd コマンドで自分がいるディレクトリを確認する。
++ls コマンドで second ファイルが存在することを確認する。 ~
+ファイルを消去する。
~ rm コマンド (&color(blue){''R''};e&color(blue){''M''};ove files or directories)
      rm ファイル名
      rm second
++ls コマンドで second ファイルが消去されたことを確認する。 ~
+一つ上のディレクトリに移動する。
      cd ..
++pwd コマンドで一つ上のディレクトリに移動したことを確認する。
++ls コマンドで存在するファイルとディレクトリを確認する。
      .. 一つ上のディレクトリ
      . カレント(現在の)ディレクトリ
~
+ディレクトリを消去する。
~ rmdir コマンド (&color(blue){''R''};e&color(blue){''M''};ove empty &color(blue){''DIR''};ectories)
      rmdir data
++ls コマンドで data ディレクトリが消去されたことを確認する。 ~
+再度 data ディレクトリを作成し、 data ディレクトリに移動し、 echo コマンドでファイルを作成せよ。 一つ上のディレクトリに戻りdataディレクトリを消去しようとしたら どうなるか確認する。

*** エディタ emacs を使えるようになる。 [#m6a10bc0]

自習形式で学習する。具体的には授業で指示する。
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