extractCD
(search and extract partial sequence of Conserved Domain)
ver. 2008Dec08

Input query protein sequence in fasta format
Sequence: protein nucleotide
E-value
Cover Ratio%
Report related sequence up to sequences
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 入力された配列をNCBIのCCDデータベース(保存ドメインデータベース) に対して RPS-BLAST 検索を行い、最も相同性の高いドメインと相同性のあった部分を 抽出するプログラム。

1.使い方

入力した配列がヌクレオチド配列かアミノ酸配列かをテキストボックスの右にあるラジオボタンで選択したあとで、ヌクレオチドまたはアミノ酸配列をファスタフォーマットで入力する。あまり似ていない領域を検出したくない場合や、あまり似ていない配列でも検出したい場合など、必要に応じて E-value を調節する。

2.結果

入力配列のうち、既知の保存ドメインと相同性のあった部分を抽出した配列、 相同性検索の結果のサマリー、相同性検索の結果の生データの順で結果が出力される。
* RPS-BLAST: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/documents/rpsblast.html , see also http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml
CDsearch performs RPS-BLAST search against NCBI CDD database. Subsequences of the top hit region for each of the input sequence will be extracted.