電子メールを使って検索できるサーバー

現在、様々なアルゴリズムでのホモロジー検索やデータベースのエントリィの取り出し、コーディング領域の予測、モチーフ検索、二次構造予測などの検索・予測を電子メールで受けつけるサービスが世界中のインターネット各所で行われています。 ここではそれらについての解説を集めています。

ホモロジー検索関連

• BLAST (for Protein, Human Genome Center/GenomeNet)
• FASTA (for DNA,RNA,Protein, Human Genome Center/GenomeNet)
• dFLASH (for Protein, IBM)
• BLITZ (for Protein, EMBL)
• BioSCAN (for DNA,RNA,Protein, Univ. of North Carolina)
• BLOCKS (for DNA,RNA,Protein, Fred Hutchinson Center)
• DAPMAIL (for Protein, Edinburgh Univ., Active Memory Technology)
• ETHZ (for DNA,RNA,Protein, ETH)
• QuickSearch (for DNA,RNA, GCG)
• SBASE (for Protein, Domain Homology Search)

モチーフ検索関連

• MotifFinder (Prosite,Motifdic, Inst. for Chemical Research, Kyoto Univ.)

エントリィ検索、その他の検索

• Gene-Server (Univ. Houston archive service)
• BioServe (packages server, LANL)
• PIRemail (PIR Network Server)

各種の予測関連

• GRAIL (Gene Recognition and Analysis)
• GeneID (Prediction of Exons and Gene Structure)
• NetGene (Prediction of splice site)
• GenMark (Prediction of ORF, Georgia Institute of Technology)
• PYTHIA (Identification of human repetitive DNA)
• PredictProtein (Prediction of Secondary Structure)