Annotation Helper

Result ID=

Input nucleotide or amino acid sequence in multifasta format


Level of similarity:
low limit from maximum score %


Select Database (If CD search were selected you can use Cdd database only.)
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Address:

clear all See sample for Nucleotide or Amino acid /
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遺伝子のアノテーション推定のために作成したツールです。
BLASTを用いた普通の相同性検索ですが、 遺伝子のアノテーションをしやすくするために 結果の表示にいろいろ工夫を凝らしています。

１）ホモロジー検索を実行するときに
・アノテーション検索中と検索終了後でアイコンが変わります。 画面全体を注視しなくても計算が終わったかどうかが簡単にわかります。
・計算が終了するまでブラウザを開いている必要はありません。
・計算が終わったことをメールでお知らせすることができます。
・クッキーを使用可能にしておくと、ブラウザを閉じても history に計算結果への IDが記録されます。
・使用可能なプログラムは blastn, blastp, tblastn, blastx, tblastx, rps-blast です。
・使用可能なデータベースは以下のとおりです。

RefSeq
NCBI no-redundant
Human genome UCSC hg18(blastn or tblastx only)
Mouse genome UCSC mm8(blastn or tblastx only)
Human Invitational 4.0 (blastn ot tblastx only)
FANTOM 3.00 (blastn ot tblastx only)
Human UniGene Build #203 (blastn or tblastx only)
Mouse UniGene Build #164 (blastn or tblastx only)
Human RefSeq October 18, 2006 (blastn or tblastx only)
Mouse RefSeq October 18, 2006 (blastn or tblastx only)

２）結果の俯瞰で
・遺伝子機能ができるだけ前に表示されるように工夫しました。
・気になる配列だけを選んで表示できます。
・相補配列にヒットしたものはイタリックの青字でハイライトします。
・query配列とマッチした配列の全長の比がわかります。

３）詳細表示で
・ヒットした配列とクエリのどの部分に相同性があるか直感的にわかるよう、 ホモロジーマトリックスを表示します。
・もちろん、各々のアライメントを見ることができます。