Ondemand Mapping

Result ID=

Algorithm SIM4: BLAT ( NOTICE! BLAT is NEWLY AVAIABLE, but is NOT YET TUNED well for this web service ):

BLAST search option: E-value: filter gap use megablast
Genome Human (UCSC hg18) Chimpanzee (UCSC panTro2) Rhesus (UCSC rheMac2) Mouse (UCSC mm8) Platypus (NCBI build1.1) Chicken (NCBI build2.1) Zebrafish (NCBI Zv6) Honeybee (NCBI Amel4.0) Sea Urchin (NCBI Spurv2.1) Nematode(NCBI WS170) Display multiple result
Comment to the result:
Notice termination of this program by E-mail
Address:

clear all / See sample / to English page / return to study index
open new window for result

　Sim4 又は BLAT と、BLASTを使ったマッピングシステム。
Multifasta format で入力された塩基配列のゲノム配列上の大まかな位置を BLAST を使って決定し、SIM4 または BLAT を使って詳細な位置決めをする。 一度に複数の配列をマッピングできるのが特徴。
　マッピングが終わった配列のゲノム領域、エクソン、 イントロン配列を取得することも可能。
　サブミットした時に自動的に ID を生成するので、 ブラウザを閉じても ID を入力すれば結果を取得することができる。 （ただし、10日間以上データにアクセスしないと自動的に削除される。）
　また、クッキーを保存できる環境では、history に自動的に ID が保存される。
　事前にメールアドレスを入力しておくと、マッピング終了時にメールで通知することも可能。
以下のゲノム配列を収録している。

Human (UCSC hg18)
Chimpanzee (UCSC panTro2)
Rhesus (UCSC rheMac2)
Mouse (UCSC mm8)
Platypus (NCBI build1.1)
Chicken (NCBI build2.1)
Zebrafish (NCBI Zv6)
Honeybee (NCBI Amel4.0)
Sea Urchin (NCBI Spurv2.1)
Nematode(NCBI WS170)